A primeira temporada é a fase introdutória da série animada, onde os primeiros X-Men formadores do Instituto Xavier, Tempestade e Jean Grey, recrutam novos integrantes: Noturno, Lince Negra, Spyke e Vampira. Noturno descobre a verdade sobre sua mãe, Wolverine encontra respostas sobre seu passado, Vampira passa da Irmandade de Mutantes para os X-Men, as lutas constantes entre Wolverine e Dentes-de-Sabre se tornam freqüentes e o irmão de Xavier, Fanático, é solto da prisão.
Temporada 1 de X-Men: Evolution, com 13 episódios, estreou em 04/11/2000.
T1 E1A Estratégia X 04/11/2000
T1 E2O Impulso X 11/11/2000
T1 E3A Recruta Vampira 18/11/2000
T1 E4O Mutante Esmagador 25/11/2000
T1 E5Velocidade e Spyke 09/12/2000
T1 E6Universo do Meio 27/01/2001
T1 E7A virada da Vampira 03/02/2001
T1 E8A Câmera Spyke 10/02/2001
T1 E9A Sobrevivência dos Mais Aptos 03/03/2001
T1 E10Passado Sombrio 31/03/2001
T1 E11Lembrete Implacável 14/04/2001
T1 E12O Caldeirão – Parte 1 05/05/2001
T1 E13O Caldeirão – Parte 2 12/05/2001