Temporada 6 de NCIS: Investigação Naval, com 25 episódios, estreou em 23/09/2008.
T6 E1Último Sobrevivente 23/09/2008
T6 E2Agente a Bordo 30/09/2008
T6 E3Crise em Washington 07/10/2008
T6 E4Segredos de Família 14/10/2008
T6 E5Sete Vidas 21/10/2008
T6 E6Assassinato 2.0 28/10/2008
T6 E7Efeito Colateral 11/11/2008
T6 E8Capa 18/11/2008
T6 E9Espada 25/11/2008
T6 E10Rota da Morte 02/12/2008
T6 E11Noite Silenciosa 16/12/2008
T6 E12Enjaulado 06/01/2009
T6 E13Pássaro Ferido 13/01/2009
T6 E14Amor e Guerra 27/01/2009
T6 E15Mensagem do Passado 10/02/2009
T6 E16Retorno 17/02/2009
T6 E17Viagem ao Deserto 24/02/2009
T6 E18Nocaute 17/03/2009
T6 E19Pique-esconde 24/03/2009
T6 E20Calculando a Morte 31/03/2009
T6 E21Tóxico 07/04/2009
T6 E22A Lenda - Parte 1 28/04/2009
T6 E23A Lenda - Parte 2 05/05/2009
T6 E24Sempre Fiel 12/05/2009
T6 E25Aliyah 19/05/2009