Temporada 3 de NCIS: Investigação Naval, com 24 episódios, estreou em 20/09/2005.
T3 E1A Caça de Ari - Parte 1 20/09/2005
T3 E2A Caça de Ari - Parte 2 27/09/2005
T3 E3Jogos Mentais 04/10/2005
T3 E4Resquícios da Guerra Civil 11/10/2005
T3 E5Mudança de Rumo 18/10/2005
T3 E6As Mãos do Voyeur 25/10/2005
T3 E7Código de Honra 01/11/2005
T3 E8Disfarce 08/11/2005
T3 E9Inocente Acusado 22/11/2005
T3 E10Dispensado 29/11/2005
T3 E11Comportamento Modelo 13/12/2005
T3 E12Encaixotados 10/01/2006
T3 E13Mentira 17/01/2006
T3 E14Sono Leve 24/01/2006
T3 E15De Cabeça Para Baixo 07/02/2006
T3 E16Segredo de Família 28/02/2006
T3 E17Feroz 07/03/2006
T3 E18Isca Viva 14/03/2006
T3 E19Congelados 04/04/2006
T3 E20Intocável 18/04/2006
T3 E21Banho de Sangue 25/04/2006
T3 E22Em Perigo 02/05/2006
T3 E23Por Um Triz - Parte 1 09/05/2006
T3 E24Por Um Triz - Parte 2 16/05/2006